Das Schiffahrtsmuseum der oldenburgischen Unterweser (Kurzform: Schiffahrtsmuseum Unterweser) pflegt die regionale Schifffahrtsgeschichte, die des ehemaligen Landes Oldenburg eingeschlossen. In der Dauerausstellung des Museums wird die Geschichte der Reedereien, der Werften, der maritimen Zulieferbetriebe, der Seehäfen und der mit der Schifffahrt verbundenen Menschen der Region möglichst umfassend präsentiert. Die vielfach überregional bedeutenden Sammlungsbestände des Hauses werden kontinuierlich durch Originalzeugnisse der Schifffahrtsgeschichte ergänzt. Die dem Museum anvertrauten Kulturgüter werden im Rahmen der vorhandenen Möglichkeiten nach zeitgemäßen konservatorischen Standards nachhaltig für die Nachwelt bewahrt.

Das Schiffahrtsmuseum Unterweser ist eine entscheidende kulturelle Kraft in der Wesermarsch. Als Dienstleistungseinrichtung ermöglicht es seinen Besucher*innen das Lernen aus der Geschichte und eine anregende und unterhaltsame Beschäftigung mit dieser. Es will nach den Maßstäben zeitgemäßer musealer Praxis seine Inhalte abwechslungsreich und allgemeinverständlich an alle Generationen und Zielgruppen vermitteln, Teilhabe ermöglichen und Identifikationsort für die Menschen der Region sein. Über die Schwerpunkte Vermittlung, Öffentlichkeitsarbeit und Marketing sowie die museumspädagogische Arbeit tritt das Museum als außerschulischer Lernort in den wechselseitigen Dialog mit Touristen, einheimischen Besucher*innen, Zugewanderten, Schulen und Kindergärten. Stets in Abhängigkeit von den vorhandenen Rahmenbedingungen wird das Ziel einer möglichst optimalen Barrierefreiheit weiter angestrebt.

Das Schiffahrtsmuseum Unterweser erforscht – auch im Rahmen seiner Sonderausstellungen – Themen zur Geschichte der regionalen Schifffahrt, stets mit Bezug zum europäischen und/oder internationalen Kontext. Eine besondere Bedeutung kommt hierbei der Geschichte der ersten deutschen Flotte, des regionalen Walfangs, der regionalen Werften und Reedereien, der Seehäfen, der maritimen Ausbildung in Elsfleth, der regionalen Sozialgeschichte und des deutschen Schulschiffvereins zu.

Für seine erfolgreiche Arbeit pflegt das Museum zahlreiche Kontakte und Kooperationen mit der regionalen Wirtschaft, der oldenburgischen Landschaft, mit den Museen der Region, mit den Museen mit übereinstimmender Aufgabenstellung, mit Hochschulen und Fachhochschulen, den touristischen Akteuren sowie mit den museumsrelevanten Verbänden. Diese Netzwerke werden gepflegt, kontinuierlich ausgebaut und weiterentwickelt.

Das Museum verfolgt eine stete Verbesserung der Arbeitsstrukturen und einen hohen Grad an Mitarbeitermotivation. Zur Wahrung der fachlichen Qualität werden Mitarbeiter*innen regelmäßig fortgebildet. Eine von gegenseitiger Wertschätzung geprägte, harmonische Kooperation von angestellten, freiberuflich tätigen oder projektbezogenen und ehrenamtlichen Mitarbeiter*innen ist selbstverständlich und wird nachhaltig angestrebt.

Der Verein, der das Schiffahrtsmuseum der oldenburgischen Unterweser trägt, ist gemeinnützig. Die vom Landkreis Wesermarsch und den Kommunen Brake, Elsfleth, Berne und der Gemeinde Lemwerder für die Sockelfinanzierung des Museums zur Verfügung gestellten sowie die selbst erwirtschafteten Mittel werden gemäß der Vereinssatzung wirtschaftlich eingesetzt.
Das Museum sieht sich den Grundsätzen des internationalen Museumsrats (ICOM) und des Deutschen Museumsbunds verpflichtet.